Cechą charakterystyczną tego terenu są rozległe równiny porośnięte lasami, wśród których znajdują się śródleśne jeziora i torfowiska. Najcenniejsze fragmenty chronione są w postaci sześciu rezerwatów przyrody. Jest to ostoja żółwia błotnego o randze europejskiej. Duże walory przyrodnicze tego terenu wpłynęły na uznanie go za ostoję przyrody o znaczeniu międzynarodowym w systemie CORINE pod nazwą Pojezierze Łęczyńsko-Włodawskie (na terenie parku leżą trzy ostoje częściowe Żółwiowe Błota, Lasy Sobiborskie, Jeziora Brudno i Płotycze), obszar węzłowy rangi międzynarodowej w systemie ECONET-POLSKA (27M) oraz węzeł ekologiczny w projektowanym Międzynarodowym Rezerwacie Biosfery "Polesie Zachodnie", który łączy Poleski Park Narodowy z Szackim Parkiem Narodowym na Ukrainie.

Dominującą formą pokrycia terenu są lasy, które stanowią 75% powierzchni parku. Do pozostałych form użytkowania ziemi należą: łąki-10%, bagna-5%, grunty rolne-2%. Wody zajmują 2% powierzchni Parku. Osią hydrologiczną SoPK jest nieduża rzeka Tarasienka, która została uregulowana w latach 60-tych. Tarasienka spełnia wiele istotnych funkcji wpływających na walory przyrodnicze tego terenu. Odpowiada ona za funkcje hydrologiczne (odbiór i odprowadzanie wody ze zlewni), ekologiczne (jest szlakiem przemieszczania się niektórych gatunków flory i fauny), krajobrazotwórcze oraz wodno-gospodarcze (odprowadzanie, tranzyt i źródło poboru wody).Ważnym elementem w hydrosferze parku są śródleśne jeziora. Na terenie Parku położonych jest ich siedem: Orchowe (Księżowskie) – pow. 8,1ha, Wspólne (Spólne, Spilno) – pow. 63,1 ha, Koseniec – pow. 21 ha, Pereszpa (Pereszpa, Perespilno) – pow. 24,3 ha, Brudzieniec – pow. 17,8 ha, Brudno – pow. 40,8 ha, Płotycze – pow. 16,6 ha. Tyko niewielkie fragmenty brzegów są dostępne, w otoczeniu jezior dominują torfowiska i podmokłe lasy.

Do najcenniejszych przyrodniczo elementów szaty roślinnej parku należą torfowiska. Spotkać tu można trzy typy torfowisk: niskie, przejściowe i wysokie. Dawniej na terenie parku występowało wiele obszarów bezodpływowych, do których należały m.in. Bagno Buzornica i Bagno Sołtysy. Niestety zostały one w znacznej mierze odwadniane, przez rowy melioracyjne.

Obszar Sobiborskiego PK to teren realizacji ważnych programów czynnej ochrony przyrody. Programy te dotyczą renaturalizacji ekosystemów wodno-torfowiskowych na terenie parku, zachowania siedlisk rzadkich gatunków roślin jak wierzby lapońskiej i borówkolistnej. Głównym programem jest jednak ochrona żółwia błotnego, która polega na wspomaganiu rozwoju populacji żółwia oraz ochronie jego lęgowisk.