Na terenie Parku Krajobrazowego "Podlaski Przełom Bugu" stwierdzono występowanie 765 gatunków roślin naczyniowych, w tym 18 gatunków roślin zarodnikowych, 5 gatunków roślin nagonasiennych oraz 742 gatunki roślin okrytonasiennych. Występują 34 gatunki drzew, 50 gatunki krzewów i krzewinek oraz 681 gatunków roślin zielnych. Z grupy roślin chronionych występuje 36 gatunków objętych ochroną ścisłą oraz 16 podlegających ochronie częściowej. Bardzo liczna jest-licząca 136 gatunków-grupa roślin rzadkich w skali kraju i regionu. Na szczególne podkreślenie zasługuje obecność takich gatunków chronionych jak: widłak wroniec Lycopodium selago, widłak spłaszczony Lycopodium complanatum , widłak jałowcowaty Lycopodium annotinum, widłak goździsty Lycopodium clavatum, lepnica litewska Silene lithuanica, tojad smukły Aconitum variegatum, zawilec wielkokwiatowy Anemone sylvestris, parzydło leśne Aruncus dioicus, goryczka gorzka Gentiana amarella, zimoziół północny Linnea borealis, kosaciec syberyjski Irys sibirica, tajęża jednostronna Goodyera repens. Gatunki te należą do bardzo rzadkich dla niżu środkowopolskiego i występują na terenie parku bardzo nielicznie. Szczególnie cenne jest występowanie storczyka kukuczki kapturkowatej Neottianthe cuculallata-gatunku podawanego w Polsce z kilkunastu stanowisk, zaliczanego do zagrożonych wyginięciem.